抗日战争爆发后，原在延安经商的回族商贩就地定居;宁夏、甘肃、河南、云南、河北等省回民由于多种原因迁居延安的更多;在各机关、团体、学校中都有穆斯林，甚至还有来自土耳其、巴基斯坦、印尼等国的穆斯林友好人士。他们共同要求有座清真寺，让穆斯林都能过正常的宗教生活。

1940年2月，延安回民救国会向政府提出了这一建议。边区政府很快答应了这一要求，由延安市政府无偿划拨出地茔，边区政府财政拨款七千元帮助新建清真寺。

同年9月，毛泽东主席为延安清真寺题赠了‘清真寺’匾额，这是他伟大革命生涯中，唯一的一次为宗教活动场所亲笔题名。

1940年10月7日，延安清真寺新建落成，来自陕甘宁边区各地穆斯林代表、延安各机关团体、工厂、学校的代表200多人举行了隆重的落成典礼。八路军总司令朱德、边区政府主席高自立以及谢觉哉、李维汉、吴竞平等领导同志相继做了重要讲话。

1944年3月17日，八路军总政治部和延安回民救国协会在清真寺举行追悼大会，隆重悼念同年2月7日在山东莘县病逝的八路军回民支队司令员兼冀鲁豫军区沙河分区司令员马本斋同志。

1970年元月，延安革命纪念馆在清理清真寺遗址时，发现了毛泽东题写的"清真寺"刻石。现作为国家一级文物被珍藏于延安革命纪念馆。

1999年7月，延安市文物管理委员会在此树立了标志纪念碑。

如今，这块珍贵的石牌，将永远见证着各族穆斯林儿女与党和国家休戚与共，同呼吸、共命运的历史写照。

附录：

1940年10月20日《新中华报》：延安清真寺隆重举行落成典礼

(本报特讯)兴筑已久的延安清真寺于十月七日宣布落成了，寺址在青年文化沟内，背依着崇竣的山峰，面临着清澈的溪水，踏上一级级步入云天的阶石，可以见到在一座古老的石碑坊上，镂刻着毛泽东同志亲笔题赠的“清真寺”三个清秀的字体，碑坊背面是延安回教领袖马阿訇的阿文题字。寺院建筑在山腰中平台上成“凸”字形，工程精致，形状壮丽，而环境清幽如入圣境，寺前悬有边区政府送贺清真寺落成“众志成城”的匾额，这便是今后延安伊斯兰兄弟们虔诚领拜之地了。

七日下午延安回民同胞，边区各地回民代表及延安各机关学校团体代表二百余人，特于青年文化沟举行了隆重的清真寺落成典礼，朱总司令、边区政府高主席、曹秘书长、谢老、罗迈、李卓然、吴亮平、艾思奇等同志均临参加，定边马阿訇身着黑长衣，头戴门拉帽髭鬓飘动颔下，容光焕发，英毅气概现于容表。延安马阿訇则身着灰长衣，头戴白色德司嗒勒(译音)精神奕奕，举止文雅。大会先由马阿訇领导全体回民领拜，所有回民赤足跪伏清真寺内，定边马阿訇则跪于窑凹之前，朗诵可兰经至半个小时之久，寺内空气严肃动人，到会各位非回民代表则肃立寺外以致敬意，领拜结束，诸回民同胞随阿訇走出会场列坐寺前，后由回民鲜维俊同志致开会词，并代表边区全体回民向边区党政军民各界尊重回民风俗习惯之美德，与边区政府给于边区回民宗教上政治上各方面平等自由的权利，及一切热诚帮助谨致谢意。继请朱总司令、高主席、谢觉哉、罗迈等同志讲话，讲话完毕，回民同志分送各来宾香油一份，大家欣然接受了这份礼物，走出会场，清真寺落成典礼，便宣告礼成。